История лицея началась 1 сентября 1971 года, когда решением Исполкома городского Совета депутатов трудящихся восьмилетние школы 5 и 7 были преобразованы в среднюю школу №5.

Это была школа-новостройка на 960 мест, включающая 29 учебных кабинета, большой спортивный зал,  кинозал,  столовую на 200 учащихся, библиотеку с книжным фондом 67 500 экземпляров книг, две учебные мастерские для мальчиков, швейный цех для девочек, спортивный городок. Первым директором школы была Чернова Ольга Ивановна (1871-1990 г.г.), а с 1990 по 1993 год – Чернова Людмила Михайловна.

С 1982 года в школе открывается хоровое отделение детской музыкальной школы.

В 1996 году лицей становится экспериментальной площадкой по апробации модели профессора Л.В.Тарасова «Экология и диалектика». 16 марта 2002 года деятельность педагогического коллектива по экспериментальной модели «Экология и диалектика» была признана одной из лучших в Калининградской области.

1 декабря 1998 года школа-лицей №5  переименована в МОУ лицей №5. Директором лицея в этот период являлся   Макеенков  Николай Федорович  (1993-2009г.г.) - Заслуженный учитель РФ. Под его руководством в лицее была разработана и внедрена система менеджмента качества образования. До сегодняшнего дня лицей успешно работает в этом направлении.

С 2009 года директор лицея – Каплуцевич  Инна  Францевна. По итогам 2009-2010 учебного года МАОУ лицей №5 вошел в число лучших 25 школ области по оценке Фонда качества по всем трем ступеням образования.

В декабре 2010 года МОУ лицей №5 был преобразован в Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение лицей №5 (МАОУ лицей №5).

Сегодня МАОУ лицей №5 – современное общеобразовательное учреждение, находится в режиме развития и постоянного поиска новых путей совершенствования качества образования.

Миссия МАОУ лицея №5 - создание открытого и мобильного образовательного пространства (благоприятной образовательной среды) для самостоятельного гармонического развития личности обучающегося, патриота и гражданина России, способного активно и толерантно взаимодействовать в современном быстро меняющемся мире.

Достижение образовательных целей в лицее реализуется через проектную и исследовательскую деятельность педагогов и учащихся в урочное и внеурочное время. Для этого в лицее разработаны проекты: «Абитуриент», «Кадеты – доблестные сыны отечества», « Тимирязева –NEWS», «Здоровое питание», «Музей лицея», «Лицей – территория здоровья», «Организационно- педагогические условия подготовки МАОУ лицея №5 к переходу к новым ФГОС», проект по благоустройству, «Толерантность в пространстве образования», «Лицей – территория здоровья», «Сайт МАОУ лицея №5», «Лицейская демократическая республика» и другие.

 Основными направлениями развития лицея являются:

-профильное обучение (в лицее реализуются физико-математический и социально-экономический профиль);

- работа с одаренными детьми (учащиеся лицея являются неоднократными победителями конкурсов, соревнований, олимпиад, фестивалей интеллектуального, творческого и спортивного направления.);

- духовно-нравственное воспитание школьников (в лицее с 2010 года открыт кадетский класс, разработана программа дополнительного образования по духовно-нравственному воспитанию, реализуются инновационные предметы: «Истоки», «Живое слово», лицей участвует в апробации комплексного учебного курса «Основы мировых религиозных культур и светской этики» по модулям: «Основы мировых религиозных культур», «Основы православной культуры»);

- «Лицей – территория здоровья» (реализуется проект «Здоровое питание», ежедневно осуществляется медицинский контроль за состоянием здоровья учащихся, в лицее оборудован медицинский кабинет,  в соответствии с современными требованиями; в оздоровительных целях создаются условия для удовлетворения биологической потребности обучающихся в движении: подвижные (игровые) перемены; внеклассные спортивные занятия и соревнования; уроки плавания в бассейне, дни здоровья, туристические походы, пропаганда здорового образа жизни);

- информатизация образовательного процесса (работает кабинет открытого доступа в Интернет, отвечают современным требованиям кабинеты географии, физики, химии; многие кабинеты, в том числе библиотека, снабжены мультимедийной техникой, видеоаппаратурой);

- подготовка к внедрению новых ФГОС (с 1 сентября 2011 года МАОУ лицей №5 перешел на федеральный государственный образовательный стандарт начального общего образования, идет подготовка условий к переходу на ФГОС основного общего образования);

- сетевое взаимодействие (для реализации сетевой модели используются ресурсы следующих образовательных учреждений: Калининградский областной технологический колледж города Советска; Калининградский государственный технический университет; Информационный Центр по атомной энергии (г. Калининград); с 2007-2008 учебного года лицей продолжает сотрудничать с Калининградским государственным колледжем градостроительства, Балтийской государственной академией рыбопромыслового флота).

    В лицее работает опытный и высококвалифицированный педагогический коллектив. Всего педагогических работников – 42 , из них: два работника имеют звание Заслуженный учитель РФ (Бударина Г.Н., Макеенков Н.Ф.); 5- отличников просвещения; 26 –имеют государственные и ведомственные награды, почетные звания. Высшую  и первую квалификационную категорию имеют 34 учителя. За последние три года 10 человек приняли участие и стали призерами и победителями в профессиональных конкурсах городского, регионального и всероссийского уровня. В 2011 году учитель немецкого языка -  Журило Валентина Станиславовна стала победителем муниципального этапа профессионального конкурса «Учитель года».

Управление лицеем осуществляется посредством целенаправленного взаимодействия, сотрудничества руководителей лицея и всех участников образовательного процесса в рамках  реализации требований государственных образовательных стандартов с учетом мнений и пожеланий обучающихся и их родителей. Лицейское  соуправление имеет следующую структуру:

•    Управляющий совет (определяет концепцию развития, стратегию деятельности и ресурсное обеспечение);

•    Педагогический совет (определяет и возглавляет работу по решению актуальных проблем, разработке, выполнению и анализу намеченных программ);

•    Родительский совет (возглавляет и организует работу по оптимальному взаимодействию лицея и родителей);

•    Научно-методический совет (возглавляет и организует работу по научному и методическому совершенствованию учебно-воспитательного процесса и повышению квалификации и конкурентоспособности педагогов);

•    Система ученического самоуправления (способствует успешной социализации учащихся).

Таким образом, реализуется идея открытого и мобильного образовательного пространства. Управление в лицее осуществляется на основе сотрудничества, соуправления с опорой на инициативу и творчество всего педагогического коллектива. Такая система управления позволяет лицею развиваться, отвечая потребностям учащихся, их родителей, общества, государства.

В 2011 году МАОУ лицею №5 исполняется 40 лет.